Καταρχάς, ο θάνατός του παραμένει μυστήριο. Ο Τουταγχαμών πέθανε σε ηλικία μόλις 19 ετών. Πρόσφατες μελέτες με ακτινογραφίες, αξονικές τομογραφίες και DNA, έδειξαν πως ο φαραώ έπασχε από ελονοσία, μαζί με κάποιες άλλες ιατρικές παθήσεις όπως υπερωιοσχιστία, ενώ λίγο πριν το θάνατό του είχε σπάσει και το πόδι του. Δεν ανακαλύφθηκαν ενδείξεις πως δολοφονήθηκε.
Όταν ο τάφος του ανοίχτηκε το 1922, φορούσε ένα κολάρο από λουλούδια, τα οποία διατηρήθηκαν επειδή ο τάφος σφραγίστηκε. Τα λουλούδια ήταν πολύ σημαντικά στους αρχαίους Αιγύπτιους, οι οποίοι ζωγράφιζαν εικόνες κήπων στους τοίχους των τάφων.
Τα λουλούδια αποκάλυψαν πως ο Τουταγχαμών θάφτηκε κάπου μεταξύ μέσα Μαρτίου και τέλη Απριλίου. Η προετοιμασία του σώματος για την ταφή διαρκούσε 70 ημέρες, οπότε ο φαραώ πέθανε κατά πάσα πιθανότητα το χειμώνα.
Χρησιμοποιήθηκαν ειδικές τεχνικές μουμιοποίησης. Αφού αφαίρεσαν τον εγκέφαλο και τα εσωτερικά όργανα, οι ιερείς χρησιμοποίησαν άλατα για να “στεγνώσουν” το σώμα, επιτρέποντας στη μούμια να διατηρηθεί για χιλιάδες χρόνια.
Πίστευαν πως η ψυχή πρέπει να επιστρέψει στο σώμα για να συνεχίσει να υπάρχει στη μετά θάνατον ζωή, αλλά η ψυχή έπρεπε να μπορεί να αναγνωρίσει το σώμα. Έτσι, για να κάνουν το πρόσωπο πιο “ζωντανό”, εγχύθηκε ρητίνη κάτω από το δέρμα του προσώπου για να φουσκώσει.
Μέχρι πρόσφατα πιστεύαμε πως η μουμιοποίηση του Τουταγχαμών έγινε γρήγορα και πρόχειρα επειδή πέθανε ξαφνικά, αλλά πιο πρόσφατες αξονικές έδειξαν πως δόθηκε ιδιαίτερη προσοχή στην ιεροτελεστία.
- Ο Τουταγχαμών δε θάφτηκε μόνος του. Σε ένα ξύλινο κουτί βρέθηκαν δύο μικρά φέρετρα τα οποία περιείχαν δύο θηλυκά έμβρυα, το ένα πέντε μηνών και το άλλο εννιά μηνών. Μάλλον πρόκειται για τις κόρες του Τουταγχαμών που έχασε η σύζυγός του, Ανκεζεναμούν.
Πρόκειται για μοναδικό εύρημα, καθώς έχουμε βρει μουμιοποιημένα παιδιά αλλά ποτέ έμβρυα. Η απώλεια των κορών του μάλλον ήταν πολύ σημαντική για τον Τουταγχαμών και τις ήθελε μαζί του στη μετά θάνατον ζωή.
Ο Τουταγχαμών είναι μία από τις πιο καλά μελετημένες μούμιες του κόσμου. Ωστόσο, οι ερευνητές παλαιότερα δεν ήταν πολύ ευγενικοί με το σώμα του. Η πρώτη μελέτη έλαβε χώρα το 1925 και οι ερευνητές που τον μελέτησαν τον τράβηξαν απρόσεκτα από το φέρετρο ενώ ήταν κολλημένος με ρητίνη, με αποτέλεσμα να αποκολληθεί το κεφάλι από τον κορμό. Κατά τη διάρκεια του Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου, άγνωστοι εισήλθαν στον τάφο του προς αναζήτηση θησαυρών και αφαιρέθηκαν αρκετά από τα πλευρά του.